У контакта, который расположен на слое Top, выбран тип - монтажное отверстие. А размер самого отверстия - 0.
Если заменить тип с "монтажное отверстие" на "планарный", то ошибка пропадет. Эту замену можно произвести в редакторе параметров дизайна на вкладке "Стеки контактных площадок".